在制定非婚生子女共同抚养协议时，必须确保其内容符合法律法规的相关规定。特别是要参照《民法典》中关于父母子女关系的规定，协议中应明确父母双方对子女的抚养责任、教育方式、保护义务等，且不得违反《民法典》第一千零八十四条等条款中关于子女权益保护的原则。协议还需体现非婚生子女与婚生子女享有同等法律权利和义务的精神。
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从法律角度，确保非婚生子女抚养协议的合法性需做到：协议内容不得违反《民法典》等法律法规的强制性规定；协议应体现父母双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形；协议需明确抚养责任、教育方式、保护义务等关键条款，以保障非婚生子女的合法权益。同时，建议在签订协议前咨询专业法律人士，以确保协议的合法性和有效性。
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如果非婚生子女的父母在签订抚养协议后产生纠纷，可首先尝试通过协商解决；协商不成时，可根据《民法典》的相关规定，向人民法院提起诉讼，由法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则来判决抚养问题。特别是子女已满八周岁的，法院会尊重其真实意愿。