您可以要求老板提供扣款依据，并协商或申请仲裁解决。依据《工资支付暂行规定》，老板无权随意扣款，恶意扣除工程款属违法行为。若不及时处理，可能导致您的合法权益长期受损，甚至面临经济困难。
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处理此类问题，您可选择与老板协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。建议先尝试协商，若协商无果，再根据具体情况选择投诉或仲裁，以确保您的权益得到有效维护。
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老板恶意扣款可维权。操作如下：1.收集证据，如合同、工资单等；2.与老板沟通，要求解释扣款原因并提供依据；3.若沟通无果，向劳动监察部门投诉；4.必要时申请劳动仲裁，通过法律途径维权。